在离婚案件中，有两个孩子的情况下，法院会综合考虑多种因素来决定抚养权的归属。以下是可能的情况和判决原则：
一人抚养一个孩子
如果夫妻双方能够就孩子抚养问题达成协议，法院通常会尊重双方的意愿，判决一人抚养一个孩子。
两个孩子均在两周岁以下
根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条，不满两周岁的子女以由母亲直接抚养为原则。因此，如果两个孩子都在两周岁以下，法院通常会判给母亲抚养，除非母亲存在不适合抚养孩子的情况。
两个孩子年龄较大
对于八周岁以上的孩子，法院会充分听取他们的意见，并尊重他们的真实意愿。如果两个孩子都表达了明确的意愿且意愿一致，法院在判决时会予以考虑。但如果孩子的意愿不同，法院还是会综合其他因素进行判断。
两周岁到八周岁之间的子女
在这个年龄段，法院会综合考虑双方的经济条件、居住环境、教育资源、工作稳定性、时间精力等因素，以判断哪一方更有利于孩子的成长。法院的目标是确保孩子的身心健康和合法权益。
特殊情况
如果一方有严重的疾病、传染病或其他不利于孩子成长的情况，或者一方已经做了绝育手术或因其他原因丧失生育能力，法院可能会优先考虑这一方的抚养权。
父母双方协商一致
如果夫妻双方能够就孩子抚养问题达成一致，法院会尊重双方的协议，并出具相应的判决书。
建议
协商解决：如果可能，夫妻双方应尽量通过协商达成一致，这样可以减轻孩子的心理压力，也有利于双方更好地履行抚养义务。
收集证据：在离婚诉讼中，双方应准备好相关证据，如经济状况、居住环境、教育背景、与孩子的感情联系等，以便在法庭上有力地陈述自己的立场。
尊重孩子意愿：对于年龄较大的孩子，法院会尊重他们的真实意愿，因此，在协商和诉讼过程中，了解并尊重孩子的意愿是非常重要的。
通过以上方式，可以最大程度地保障孩子的利益，确保他们在一个相对稳定和有利的环境中成长。