收取复垦费的方式如下：
国家收费标准
根据《国家土地利用总体规划实施规定》，对临时用地实施复垦的，应按照复垦土地面积的0.5%收取复垦费用。
地方收费标准
各地方政府根据实际情况和行业特点，可以在国家标准的基础上进行适当的调整。例如，某地方政府规定，对临时用地实施复垦的，按照复垦土地面积的1%收取复垦费用。
按破坏土地面积收费
对于挖损和塌陷破坏的土地，如果按复垦规划要求不需要充填就地势改造利用养殖业，则根据破坏土地面积收取复垦费：
破坏土地面积在10000平方米以内的，每平方米1.00~2.00元；
破坏土地面积在10000~50000平方米之间的，每平方米0.80~1.50元；
破坏土地面积在50000平方米以上的，每平方米0.50~1.00元。
按充填土方量收费
对于需要充填平整恢复耕地的土地，复垦费按充填土方的运距收取：