股东在涉及股权变更时需要支付的费用主要包括以下几项：
印花税 ：股权转让的双方需要按万分之五的税率缴纳印花税。个人所得税
如果股东是自然人，需要按20%的税率缴纳个人所得税。
如果股东是法人，需要按25%的税率缴纳企业所得税。
工本费：
股权变更过程中可能会产生一定的工本费用。
交易费用：
可能涉及到律师费、会计师费、评估费等交易费用，这些费用一般由买方和卖方协商承担。
公司内部手续费用：
如果股权转让需要经过公司董事会或股东大会审议，可能还需要支付相关的会议费用、文件公证费用等。
其他费用：
根据具体情况，股权转让可能还会涉及到其他费用，如尽职调查费用、资产评估费用等。
市场监督费：
上市公司变更股东所支付的市场监督费，一般在1%左右。
公司注册费：
公司变更股东所需支付的注册费，一般在几千元至几万元不等。
证券及期货市场交易费：
主要指证券及期货市场转让股份所产生的交易费用，一般按转让价格计算，一般在0.3%-3%不等。
税收变更手续费用：
如果涉及到股权转让行为，可能需要支付相关的税收变更手续费用。
资金验证费用：
如果需要进行资金验证，可能需要支付相应的费用。
委托第三方代理机构办理手续的服务费用：
如果委托第三方代理机构办理手续，需要支付相应的服务费用。
综上所述，股东在变更股权时需要支付的费用包括印花税、个人所得税、企业所得税、工本费、交易费用、公司内部手续费用、其他费用、市场监督费、公司注册费、证券及期货市场交易费、税收变更手续费用、资金验证费用以及委托第三方代理机构办理手续的服务费用。具体费用会根据实际情况和当地政策有所不同，建议在办理股权变更时咨询当地工商行政管理机关或专业服务机构以获取准确的费用信息。