商业承兑扣钱多的原因可能包括以下几点：
手续费：
商业承兑汇票的兑现需要银行扣除一定的手续费，手续费的金额一般是根据汇票金额的一定比例来计算的。持有人在兑现汇票时需要支付手续费，手续费的支付方式可以是在汇票金额中直接扣除，也可以是持有人在兑现时另行支付。
汇票真伪：
持有人需要确保汇票的真实性，因为伪造的汇票将无法兑现，而且可能涉及法律责任。银行在兑现汇票时会进行验证，如果汇票真伪存疑，银行可能会拒绝兑现，或者要求持有人提供更多的证明文件。
持有人身份：
持有人的身份必须真实可靠，否则将无法兑现。如果持有人提供的身份证明文件无效或存在虚假，银行可能会拒绝兑现汇票。
其他费用：
除了手续费和可能的验证费用外，还可能存在其他相关费用，例如电汇费、评估费等，这些费用也可能导致实际扣款金额较多。
综上所述，商业承兑扣钱多主要是由于需要支付手续费、验证汇票真伪、确保持有人身份真实可靠，以及其他可能的相关费用。建议在兑现商业承兑汇票时，仔细阅读相关条款和费用说明，以确保顺利完成兑现过程。