三年没同居的离婚可以通过以下两种方式办理：
协议离婚
双方当事人自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
需要注意，离婚冷静期为三十日，冷静期届满后，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证，未申请的，视为撤回离婚登记申请。
诉讼离婚
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
提起离婚诉讼时，需要携带起诉状以及证明夫妻感情破裂的证据材料到被告住所地的人民法院。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
建议
协议离婚：如果双方能够达成一致，协议离婚是最快捷的方式。需要确保双方对子女抚养、财产分割等事项协商一致，并亲自到婚姻登记机关办理手续。
诉讼离婚：如果双方无法达成一致，任何一方都可以向人民法院提起离婚诉讼。诉讼过程中，需要提供充分的证据证明夫妻感情确已破裂，以便法院能够做出准予离婚的判决。
在实际操作中，建议先尝试通过调解解决问题，如果调解无效，再考虑提起诉讼。