设置扣税基数的方法如下：
通过自然人税务局网站设置
登录自然人税务局的相关网站。
进入“综合所得申报”页面。
在页面中找到“正常工资薪金所得”项目。
勾选需要设置基数的员工名称。
点击“更多操作”，然后选择“减除费用扣除确认”。
在弹出的对话框中，选择按照6万元进行扣除，并点击“确认”。
输入员工的收入信息，系统会自动计算出累计收入和累计减除费用的扣税基数。
通过工资管理软件设置
打开工资管理软件，进入“工资管理”功能模块。
确保已经设置好工资类别、工资项目和人员档案，并录入了工资变动数据。
点击“扣缴个人所得税”图标。
在弹出的对话框中，点击“确定”进入个人所得税扣缴表。
在个人所得税扣缴申报表页表中，点击“税率表”小菜单。
在税率表中，选择“基数”对话框，并将数据改为所需的扣税基数。
建议
确保数据准确性：在设置扣税基数时，务必确保所有数据的准确性和完整性，以避免影响个人所得税的正确计算和申报。
定期更新：如果个人所得税法或相关政策有变动，应及时更新扣税基数的设置，以确保符合最新的法规要求。
咨询专业人士：如果对设置过程有疑问，建议咨询专业的税务顾问或税务局工作人员，以确保操作正确无误。