农村林地使用权档案可以通过以下途径进行查询：
乡镇林业办：
农村林地使用权档案可以通过乡镇林业办进行查找，这些档案通常会存档于县（市）级林业局，便于林业部门有针对性地指导农民植树造林。
县（市）级林业局：
县级林业部门一般档案比较齐全，可以查到林权档案。
自然资源部门：
根据《福建省国土资源厅 福建省林业厅关于做好林权登记与不动产统一登记衔接工作的通知》（闽国土资源综〔2016〕75号），自2016年4月1日起，林权登记纳入不动产统一登记，由国土资源部门统一受理。因此，建议向当地自然资源部门咨询以查询林权档案。
档案管理部门：
也可以到档案管理部门查询，但具体查询流程和所需材料可能需要咨询相关部门。
综上所述，查询农村林地使用权档案的主要途径是乡镇林业办或县（市）级林业局，如果林权登记已纳入不动产统一登记，则建议向当地自然资源部门咨询。