分包工程应该向 项目所在地的税务机关缴纳税款。以下是具体的缴税流程和规定：
分包人如果是个人，只能到当地税务部门代开增值税专用发票，总包只能抵扣3%。
分包企业在项目所在地完成劳务后，应向当地的税务机关缴纳税款，可能涉及企业所得税、个人所得税、印花税、营业税等。
总承包方应按合同总金额减去支付给分包方的价款后的余额计算并缴纳营业税，分包方应对其完成的分包金额承担相应的纳税义务。
总承包方属于法定的代扣代缴纳税义务人，在与分包方办理已完工程价款结算时，应以与分包方结算的工程价款为依据计算并代扣代缴其营业税，并向分包方开具《中华人民共和国代扣代收税款凭证》。
对于跨省工程的分包，由扣缴人在扣缴人的机构所在地代扣代缴；如果分包人将工程再一次分包出去，有一段工程仍是跨省工程，该段跨省工程的营业税亦由总承包人在其机构所在地代扣代缴。
综上所述，分包工程应该在项目所在地的税务机关进行缴税，具体缴税方式和所需材料应根据当地税务机关的规定和分包工程的具体情况来确定。