化肥店可能害怕的部门包括：
工商管理部门：
负责管理营业执照和店铺运营的合法性，任何违规操作都可能导致店铺被整顿或者罚款。
税务局：
涉及企业的税务申报和账务处理，不合规的税务行为可能会导致罚款或其他行政处罚。
食品药品监督管理部门 （如果化肥属于食品药品范畴）：对生产、流通、消费环节的食品安全和药品安全性实施监督管理，违规的化肥产品可能会受到查处。
综合行政执法局：
在一些地区，农资零售店可能受到该部门的监管，存在以权谋私的乱象，让农资店老板感到不安。
如果化肥店遇到问题，可以通过拨打12315电话或登录全国12315互联网平台进行投诉举报