机关单位在发放工资时，通常会扣除以下几项费用：
养老保险：
个人需要缴纳本人缴费工资的8%。
医疗保险：
个人需要缴纳本人缴费工资的2%。
住房公积金：
个人需要缴纳本人缴费工资的8%。
个人所得税：
根据个人所得税法规定，从工资中扣除个人所得税。
社保费用的个人部分：
包括五险（养老、医疗、失业、工伤、生育）中个人需要承担的部分。
大病统筹费用：
根据具体政策，可能需要从工资中扣除一部分用于大病医疗。
单位处罚部分：
如因迟到、矿工等原因可能产生的扣款。
法院判决或裁定中员工需要负担的抚养费、扶养费、赡养费：
根据法院的判决或裁定，用人单位可以从员工工资中代扣代缴。
其他法律法规规定的费用：
根据具体法律法规的规定，可能还会有其他需要从工资中扣除的费用。
需要注意的是，不同地区和单位可能会有不同的具体扣除政策和标准，建议在具体操作时咨询当地的相关部门或单位财务部门以获取准确信息。