新来店长入股的方式如下：
资金入股
新来店长可以以现金形式出资，购买公司指定连锁店铺的一定比例股份。每股价格根据店铺的估值确定，店铺估值可以综合考虑店铺的资产价值（包括固定资产、存货等）、过往经营业绩（如平均年利润）、市场潜力等因素。例如，如果店铺估值为100万元，分为100股，每股价格为1万元。
业绩奖励入股（可选）
对于业绩特别突出的店长，可以将部分业绩奖金转化为股份。例如，店长在某个年度获得的业绩奖金为5万元，公司可以按照一定比例（如1:1）给予相应价值的股份，即相当于店长以奖金入股获得5股（假设每股价值1万元）。
股份比例限制
单个店长在单店的持股比例原则上不超过一定比例（例如20%），以保证公司对店铺的控制权和整体战略规划的实施。
出资方式及比例
新来店长可以选择以现金方式出资，出资比例可以是店铺净资产的5%或10%。
分红及退股
单店每年以净利润的50%以现金方式分红，每一结算年度为当年的1月至12月底。
若店长需要退股，应提前三个月向甲方提出书面申请，并经过甲方同意。退股价格以退股时店铺资产评估价值为基础，按照店长持股比例计算。
股东合同
入股双方在确定好入股比例情况后，需要制定股东合同，并在法律授权的情况下签署合同。该合同通常应包括股东的权益和责任、股份转让的条件和条款、公司经营风险分担方式、董事会及股东大会选举方式、公司盈利分配方式等条款。