工程扣款的入账处理应遵循以下步骤：
1. 确定扣款事项：明确需要扣除的罚款事项，并确保有充分的依据和协议支持扣款。
2. 双方签订扣款协议：与施工方或其他相关方签订扣款协议，明确扣款金额和方式。
3. 施工方按照协议约定的金额暂时扣款：施工方根据协议从应支付的款项中扣除相应金额。
4. 将扣款事项记录到账务系统中：财务部门根据扣款协议和施工方的扣款凭证，在会计系统中进行相应的账务处理。
5. 结算时进行核实：在工程最终结算时，核实扣款事项是否正确，并确保账务处理的准确性。
具体的会计分录可能如下：
收到工程款时：
```
借：银行存款
贷：工程结算
```
对工程质量罚款作为减项时：
```
借：银行存款
贷：工程施工
```
收到罚款时（作为利润分配处理）：
```
借：利润分配
贷：银行存款
```
请根据具体情况选择合适的会计处理方法，并确保遵守相关法规和公司内部规定。